Nagdaos ang University of the Philippines (UP) Office of the President ng isang hapunan upang ipagdiwang ang matagumpay na pagtutulungan ng UP at Philippine Eagle Foundation (PEF) sa pag-aaral tungkol sa Agila ng Pilipinas. Pinangunahan ang pag-aaral na ito ni Dr. Cynthia Saloma ng National Institute of Molecular Biology and Biotechnology ng UP Diliman College of Science (UPD-CS NIMBB).

Isinagawa ni Dr. Saloma ang pananaliksik kasama ang mga pangunahing may-akda na sina Franchesca Pascual at Dhan Mikhail Perdon, na kapwa mula sa NIMBB; sina Francis Tablizo, John Michael Egana, Renato Jacinto Mantaring, Carlo Lapid, Kris Punayan, Shiela Mae Araiza, Jo-Hannah Llames, at Ma. Celeste Abad ng Philippine Genome Center (PGC); si Dr. Jayson Ibañez ng PEF; at si Dr. Juan Carlos Gonzalez ng UP Los Baños. Bukod sa pagbuo ng isang de-kalidad na paunang bersiyon ng genome ng Agila ng Pilipinas, ginamit din ng mga siyentipiko ang genomic data upang matukoy ang mahahalagang impormasyong makatutulong sa konserbasyon ng species na ito.

The University of the Philippines (UP) Office of the President hosted a dinner celebrating the successful collaboration between UP and the Philippine Eagle Foundation (PEF) on a study of the Philippine Eagle, led by Dr. Cynthia Saloma of the UP Diliman College of Science’s National Institute of Molecular Biology and Biotechnology (UPD-CS NIMBB).

The research was conducted by Dr. Saloma alongside lead authors Franchesca Pascual and Dhan Mikhail Perdon, also of NIMBB; Francis Tablizo, John Michael Egana, Renato Jacinto Mantaring, Carlo Lapid, Kris Punayan, Shiela Mae Araiza, Jo-Hannah Llames, and Ma. Celeste Abad of the Philippine Genome Center (PGC); Dr. Jayson Ibañez of PEF; and Dr. Juan Carlos Gonzalez of UP Los Baños. The scientists not only assembled a high-quality draft genome of the Philippine Eagle but also used the genomic data to identify information that could support its conservation.

Isang karaniwang paraan ng pag-aaral sa mga sistemang biyokemikal ang paggamit ng mga computer simulation. Itinatakda ng mga siyentipiko ang inisyal na konsentrasyon ng mga molekula at ang mga halaga ng mga parameter ng reaksyon upang gayahin kung paano nagbabago ang sistema sa paglipas ng panahon. Gayunman, iisang kombinasyon lamang ng mga paunang kondisyon at halaga ng mga parameter ang kinakatawan ng bawat simulation. Sa mga biyolohikal na sistema, maraming parameter ang hindi tiyak, mahirap sukatin, o maaaring magbago depende sa kondisyon.  Ang pagsisiyasat sa iba’t ibang kombinasyon gamit ang paulit-ulit na simulation ay nangangailangan ng matinding pagpoproseso ng kompyuter.  Upang matugunan ang hamong ito, bumuo ang mga matematiko mula sa Unibersidad ng Pilipinas Diliman—Kolehiyo ng Agham (UPD-CS) ng isang bagong alternatibong pamamaraan.

A common way to study biochemical systems is through computer simulations. Scientists specify the initial concentrations of molecules and assign values to reaction parameters to simulate how the system evolves. However, each simulation represents only one combination of initial conditions and parameter values. In biological systems, many parameters are uncertain, difficult to measure, or may vary under different conditions. Exploring these combinations through repeated simulations can be computationally demanding. To address this challenge, mathematicians from the University of the Philippines – Diliman College of Science (UPD-CS) developed a new alternative approach.

Isa sa pabalik-balik ngunit hindi gaanong napag-uusapang banta sa kalusugan sa Pilipinas ang leptospirosis: isa itong sakit na dulot ng bakteryum na matatagpuan sa kontaminadong tubig at lupa, at tumitindi ang paglaganap nito taon-taon sa pagdating ng tag-ulan at mga baha. Ipinakikita ng dalawang bagong pag-aaral mula sa University of the Philippines – Diliman College of Science (UPD-CS) at Philippine Genome Center (PGC) na maaaring mas malala ang sitwasyon kaysa sa inaakala ng ating mga health worker. Hindi dahil sa ito ay isang bagong uri ng bakteryum, kundi dahil kung saan ito natagpuang nabubuhay at namamayagpag pa.

Sinuri ng mga mananaliksik na sina Ram Julius L. Marababol at Dr. Windell L. Rivera mula sa Pathogen-Host-Environment Interactions Research Laboratory ng Institute of Biology (IB) sa UPD-CS ang presensya ng Leptospira sa Estero de Paco, isang daluyan ng tubig sa lungsod na bumabagtas sa mga komunidad sa Metro Manila na mataas ang populasyon at madalas bahain. Nangolekta sila ng mga sample ng lupa at tubig mula sa limang lokasyon sa kahabaan ng estero at nagsagawa ng pagsusuri sa 448 na bacterial isolate.

Natukoy ng pangkat ang Leptospira sa lahat ng limang lokasyon, kung saan walang nakitaang statistical difference sa presensya nito sa pagitan ng dalawang bukana ng estero o sa pagitan ng mga sample mula sa lupa at tubig. Ipinapahiwatig nito na ang Leptospira ay hindi nakatuon sa iisang bahagi lamang ng estero. Sa halip, natagpuan ang bakteryum sa kabuuan ng daluyan ng tubig, na nagpapakitang ang kontaminasyon ay hindi lang limitado sa iisang lugar at sa halip ay maaaring kumalat sa iba’t ibang bahagi ng estero sa lungsod.

Kabilang sa mga bakteryum na kanilang nakalap mula sa Estero de Paco, natukoy ng mga mananaliksik ang dalawang strain ng Leptospira na nagtataglay ng lipL32 gene, isang genetic marker na karaniwang iniuugnay sa pathogenic na Leptospira. Natukoy ng genetic sequencing ang strain bilang Leptospira yasudae, isang species na kilalang nakakahawa sa mga tao at hayop. Ito ang unang pagkakataon na ang L. yasudae ay na-genetically sequence mula sa mga sample na nakolekta sa Pilipinas. Inihambing din ng mga mananaliksik ang mga strain ng Pilipinas sa dalawang iba pang genome ng L. yasudae na nagmula naman sa Mayotte at Brazil. Ipinakita ng kanilang pagsusuri na ang mga strain ng Pilipinas ay genetically distinct mula sa mga naunang na-sequence na strain na ito, na nagmumungkahi na ang L. yasudae sa Pilipinas ay maaaring kumakatawan sa isang hindi pa dokumentadong local strain.

Ang pagtuklas na ito ay nagbunga rin ng isa pang kauna-unahan para sa agham sa Pilipinas. Sa isang kaugnay na papel na inilathala sa “Microbiology Resource Announcements,” iniulat ng mga mananaliksik ang kauna-unahang kumpletong draft genome ng L. yasudae mula sa lupa na nakuha sa Pilipinas. Ang genome na ito ay nagtataglay ng humigit-kumulang 4.5 milyong base pair ng genetic information, at ito ang ika-10 genome ng L. yasudae na na-sequence sa buong mundo—isang mahalagang kontribusyon mula sa Pilipinas sa lumalawak na talaan ng genetic information ng nasabing species.

“Iniisip ng karamihan na ang panganib ng leptospirosis ay nagmumula lamang sa mga naiipong tubig-baha pagkatapos ng isang bagyo,” pahayag ni Marababol, ang nangungunang mananaliksik sa parehong pag-aaral. “Ngunit ipinakikita ng aming datos na ang bakteryum na ito na nagdudulot ng sakit sa mga tao ay hindi nangangailangang maghintay sa pagsapit ng baha; naninirahan na ang mga ito sa lupa at tubig ng mga karaniwang daluyan ng tubig sa lungsod kung saan nakakalat sila sa buong taon.”

“Ang kawalan ng mga hiwalay na ‘hotspot’ ay siya mismong nakababahala,,” dagdag ni Dr. Rivera, ang senior author at supervisor ni Marababol sa PGC. “Ibig sabihin nito, hindi na sapat ang dating pamamaraan na tutukan lang ang isang kontaminadong lugar at linisin ito. Kung ang buong daluyan ng tubig ay nagsisilbing iisang magkakaugnay na imbakan, kinakailangang balikan natin ang pagsubaybay at mga hakbang na gagawin—hindi lamang sa ilang piling lugar na kinukunan ng sample, kundi sa kabuuhan ng mga daluyan.”

Tamang tama ang paglabas ng mga resulta. Pormal nang inuri ang leptospirosis bilang isang neglected tropical disease, ngunit ayon mismo sa mga pag-aaral sa public health na nabanggit mismo ng mga mananaliksik sa dalawang papel nila, naglalarawan ng isang epidemiolohiya ang sakit na “dumaraan sa isang malaking pagbabago.” Tumataas na ang insidente partikular sa mga lungsod gaya ng Metro Manila na kung saan masikip, mabilis ang pagiging urbanisado ngunit hindi sapat ang drainage, kasabay ng paglago ng mga impormal na pamayanan, mahinang pangangasiwa ng basura, at paulit-ulit na pagbaha,—lahat ng ito ay lumilikha ng mga kondisyon para sa bakteryum na makahawa hindi lamang sa mga hayop kundi pati na rin sa mga tao. Aminado ang mga eksperto na underdiagnosed ang sakit, na ang ibig sabihin ay maaarang mas marami pa sa opisyal na naitala ang mga nagkasakit na mga Pilipino dahil dito.

Maingat na ipinapaliwanag ng mga mananaliksik kung ano ang hindi ipinapakita ng kanilang mga natuklasan. Hindi tinukoy ng pag-aaral kung gaano karaming tao ang nahawahan ng mga strain na ito, ni hindi nito itinatag na ang bakteryum ang sanhi ng anumang kamakailang pagtaas ng mga naiulat na kaso ng leptospirosis. Ipinapakita ng pag-aaral na ang pathogenic na Leptospira ay natukoy sa maraming lugar sa kahabaan ng Estero de Paco at hindi lang sa iisa. Gamit ang bacterial culture, molecular testing, at genetic analysis, kinumpirma ng mga mananaliksik ang presensya ng mga strain na ito at sinuri ang kanilang kaugnayan sa iba pang mga strain ng Leptospira. Itinatampok din ang pangangailangang isaalang-alang ang malawakang presensya ng Leptospira sa mga daluyan ng tubig sa lungsod kapag nagpaplano ng pagsubaybay sa mga sakit sa panahon ng baha at pagpapaalala ng mga panganib ng leptospirosis sa publiko.

Ang parehong pag-aaral ay sinuportahan ng Department of Science and Technology (Project No. 9258), at isinagawa sa Pathogen-Host-Environment Interactions Research Laboratory ng UPD-CS IB, sa pakikipagtulungan sa PGC.

References:

Culturable Leptospira spp. Exhibit No Detectable Spatial or Matrix-Associated Structuring in Estero de Paco, Manila, Philippines. Marababol, R.J.L. & Rivera, W.L. BMC Microbiology (2026), Article in Press. DOI: 10.1186/s12866-026-05480-z

Draft Genome Sequence of Leptospira yasudae Strain Ss3a1f from Estero De Paco, Manila, Philippines. Marababol, R.J.L. & Rivera, W.L. Microbiology Resource Announcements, Vol. 15, Issue 7 (2026). DOI: 10.1128/mra.00547-26. Genome data deposited in NCBI GenBank under BioProject PRJNA1459639.

Leptospirosis is one of the Philippines’ most persistent and least talked-about health threats: a bacterial disease carried in contaminated water and soil, spiking every year the moment the rains and the floodwaters come. Two new peer-reviewed studies out of the University of the Philippines – Diliman College of Science (UPD-CS) and the Philippine Genome Center (PGC) now show that the picture may be worse than health workers assumed. This is not because the bacterium is new, but because of where scientists just found it living, and how completely it has settled in.

Researchers Ram Julius L. Marababol and Dr. Windell L. Rivera of the UPD-CS Institute of Biology’s (IB) Pathogen-Host-Environment Interactions Research Laboratory investigated the presence of Leptospira in Estero de Paco, an urban waterway that passes through densely populated and flood-prone communities in Metro Manila. They collected soil and water samples from five sites along the estero and tested 448 bacterial isolates. 

The team detected Leptospira at all five sites, with no statistically significant difference in its presence between upstream and downstream areas or between soil and water samples. This suggests that Leptospira was not concentrated in just one part of the estero. Instead, the bacteria were detected throughout the waterway, showing that contamination can extend across different parts of an urban waterway rather than being limited to a single visible source.

Within the bacteria they collected from Estero de Paco, the researchers identified two strains of Leptospira carrying the lipL32 gene, a genetic marker commonly associated with pathogenic Leptospira. Genetic sequencing identified the strains as Leptospira yasudae, a species known to infect humans and animals. This is the first time L. yasudae has been genetically sequenced from a sample collected in the Philippines. The researchers also compared the Philippine strains with the only two other L. yasudae genomes currently available, which came from Mayotte and Brazil. Their analysis showed that the Philippine strains were genetically distinct from these previously sequenced strains, suggesting that L. yasudae in the Philippines may represent a previously undocumented local lineage.

The discovery also led to another first for Philippine science. In a companion paper published in “Microbiology Resource Announcements,” the researchers reported the first complete draft genome of L. yasudae recovered from Philippine soil. The genome contains about 4.5 million base pairs of genetic information and is only the 10th L. yasudae genome sequenced worldwide, adding a rare Philippine reference to the growing genetic record of the species.

“Most people picture leptospirosis risk as something you catch from an obvious flood puddle after a typhoon,” said Marababol, lead researcher on both studies. “What our data show is that the bacteria carrying the potential to make people sick aren’t waiting for a flood to arrive; they are already living in the soil and water of an ordinary city waterway, spread evenly across it, all year round.”

“The absence of isolated hotspots is itself the alarming part,” added Dr. Rivera, senior author and Marababol’s supervisor at the PGC. “It means the old model of pointing to one contaminated spot and cleaning it up isn’t going to be enough. If an entire waterway is functioning as a single, connected reservoir, then surveillance and intervention have to be rethought at the scale of the whole system, not a handful of sampling points.” 

The findings land at a pointed moment. Leptospirosis is formally classified as a neglected tropical disease, but public health literature cited in the researchers’ own papers describes an epidemiology that has been “undergoing a marked shift.” The incidence is now climbing specifically in dense, rapidly urbanizing, and inadequately drained cities like Metro Manila, where informal settlements, weak waste management, and recurring flooding create ideal conditions for the bacteria to move from animal reservoirs into human contact. The disease is also widely recognized as underdiagnosed, meaning official case counts are likely to understate how often Filipinos are actually exposed.

The researchers are careful to point out what their findings do not show. The study did not determine how many people have been infected by these specific strains, nor does it establish that the bacteria are responsible for any recent increase in reported leptospirosis cases. What the study does show is that pathogenic Leptospira was detected across multiple sites along Estero de Paco, rather than being concentrated in a single area. Using bacterial culture, molecular testing, and genetic analysis, the researchers confirmed the presence of these strains and examined their relationship to other Leptospira strains. The findings highlight the need to consider the widespread presence of Leptospira in urban waterways when planning flood-season disease surveillance and communicating leptospirosis risks to the public.

Both studies were supported by the Department of Science and Technology (Project No. 9258), and were conducted at the Pathogen-Host-Environment Interactions Research Laboratory of the UPD-CS IB in partnership with the PGC.

References:

Culturable Leptospira spp. Exhibit No Detectable Spatial or Matrix-Associated Structuring in Estero de Paco, Manila, Philippines. Marababol, R.J.L. & Rivera, W.L. BMC Microbiology (2026), Article in Press. DOI: 10.1186/s12866-026-05480-z

Draft Genome Sequence of Leptospira yasudae Strain Ss3a1f from Estero De Paco, Manila, Philippines. Marababol, R.J.L. & Rivera, W.L. Microbiology Resource Announcements, Vol. 15, Issue 7 (2026). DOI: 10.1128/mra.00547-26. Genome data deposited in NCBI GenBank under BioProject PRJNA1459639.

Ang mga mag-aaral sa mga lalawigan na malayo at  mahirap ang kalagayang pangkabuhayan sa Pilipinas ay madalas na nahaharap sa mga hamon upang makakuha ng mataas na marka sa mga college entrance exam, lalo na sa agham. Marami sa kanila ang nakatuntong sa senior high school nang may kulang sa batayang kaalaman, sanhi na rin ng limitadong pagkakataon sa patuloy at nakatutok na pagpapaunlad ng propesyon para sa mga guro. Kapag mismo ang mga guro ay nahihirapan sa mga pangunahing konsepto ng agham, nagiging mas mahirap ding patatagin ang pag-unawa at kasanayan sa paglutas ng problema ng mga mag-aaral.

Dahil dito, isinagawa ng University of the Philippines College of Science (UPD-CS), sa pakikipagtulungan sa Unibersidad ng Pilipinas, Pamahalaang Panlalawigan ng Basilan, at mga Schools Division Office ng Basilan at Lamitan, ang Project RISE: Reinforcing Instruction in Mathematics and Science Education in Basilan (RISE-BASILAN) noong Hulyo 20–24, 2026 sa Lungsod ng Lamitan, Basilan. Tinipon ng naturang pagsasanay ang 64 na guro—32 sa Matematika at 32 sa Agham.

Layunin ng RISE-BASILAN na patatagin ang kakayahan ng mga guro ng Matematika at Agham sa Senior High School (SHS) sa Basilan. Ginagawa ito sa pamamagitan ng pagbibigay ng makabagong aralin, mabisang pamamaraan sa pagtuturo, at mga aktuwal na karanasang pampagkatuto upang mapataas ang kalidad ng edukasyon sa Matematika at Agham sa buong lalawigan.

“Ang RISE-BASILAN ay nakabatay sa naunang inisyatiba ng College of Science na isinagawa sa Tawi-Tawi noong 2018. Nilalayon ng proyekto na ipagpatuloy ang inisyatibong iyon at panatilihin ang komitment ng UPD-CS na suportahan ang edukasyon sa Matematika at Agham sa mga lugar na higit na nangangailangan ng tulong,” pahayag ng pinuno ng proyekto na si Dr. Jillian Aira Gabo-Ratio.

Students in geographically remote and economically disadvantaged provinces in the Philippines often face barriers to performing well in college entrance exams, particularly in science. Many enter senior high school with gaps in foundational knowledge, partly due to limited access to sustained, content-focused professional development for teachers. When teachers struggle with core scientific concepts, it can be challenging to strengthen students’ understanding and problem-solving skills.

The University of the Philippines Diliman College of Science (UPD-CS), in partnership with the University of the Philippines, the Province of Basilan, and the Schools Division Offices of Basilan and Lamitan, implemented Project RISE: Reinforcing Instruction in Mathematics and Science Education in Basilan (RISE-BASILAN) from July 20-24, 2026 in Lamitan City, Basilan. The workshop brought together 64 teachers, including 32 Mathematics teachers and 32 Science teachers.

RISE-BASILAN aims to strengthen the competencies of Senior High School (SHS) Mathematics and Science teachers in Basilan by providing up-to-date content, effective pedagogical approaches, and hands-on learning experiences to improve Mathematics and Science education outcomes in the province.

“RISE-BASILAN builds on an earlier initiative by the College of Science conducted in Tawi-Tawi in 2018. The project seeks to continue that initiative and sustain UPD-CS’s commitment to supporting Mathematics and Science education in underserved areas,” project leader Dr. Jillian Aira Gabo-Ratio noted.