Category Archives: Latest News

Bagong Pag-aaral: Natuklasang May Nakababahalang Mababang Genetic Diversity ang Haring Ibon

Bagong Pag-aaral: Natuklasang May Nakababahalang Mababang Genetic Diversity ang Haring Ibon

Published: June 26, 2026
By: Eunice Jean C. Patron
Translated by: Mary Ann Corrales

Ipinapakita sa larawang ito ang pambihirang mababang genetic diversity ng Haring Ibon kumpara sa iba pang mga hayop na nanganganib nang maubos (Panel A), kumpara sa iba pang mga ibong mandaragit o raptor (Panel B), at sa antas ng bawat indibidwal na agila (Panel C). (Larawan mula kina Perdon et al., 2026)

Ang Haring Ibon (Philippine eagle), na pambansang ibon ng Pilipinas, ay isa sa pinakamalalaki at pinakamakapangyarihang agila sa buong mundo. Dahil madali silang maapektuhan ng pagkasira at pagkakawatak-watak ng kanilang tirahan (habitat destruction and fragmentation), kasalukuyan itong nakatala bilang Critically Endangered sa International Union for Conservation of Nature. Dahil dito, itinuturing ito bilang isa sa mga pinakananganganib na ibon sa buong daigdig. Upang masiguro ang kaligtasan ng kanilang lahi, mahigit 30 taon nang nagsasagawa ang mga siyentipiko ng programang captive breeding sa mga protektadong pasilidad bilang bahagi ng mga gawaing pang-konserbasyon. 

 

Upang suriin ang DNA ng 35 Haring Ibon na nasa ilalim ng pangangalaga ng Philippine Eagle Foundation (PEF), nakipagtulungan ang isang pangkat ng mga eksperto sa pamumuno ni Dr. Cynthia Saloma ng University of the Philippines – Diliman College of Science’s National Institute of Molecular Biology and Biotechnology (UPD-CS NIMBB). Kasama niya sa pag-aaral sina Dhan Mikhail Perdon, Franchesca Pascual, Francis Tablizo, Carlo Lapid, John Michael Egana, Renato Jacinto Mantaring, Kris Punayan, Shiela Mae Araiza, Jo-Hannah Llames, at Ma. Celeste Abad mula sa Philippine Genome Center; Dr. Juan Carlos Gonzalez ng UP Los Baños; at Dr. Jayson Ibañez ng PEF.

 

Layunin ng pangkat na makabuo ng isang draft genome ng Haring Ibon na magsisilbing gabay sa mga gawaing pang-konserbasyon. Sa tulong ng PEF, isinailalim nila sa DNA sequencing ang mga agilang inaalagaan sa Davao City. “Ang genome ay ang kumpletong hanay ng mga gene ng isang buhay na organismo,” paliwanag ng mga siyentipiko. “Mula sa mga nakuhang DNA sequences, nagawa naming buuin ang isang kinatawang genome (representative genome) para sa species na ito.” 

 

Sa kanilang pag-aaral, iniulat ang isang bagong natuklasan: napakababa ng genetic diversity ng Haring Ibon. Ibig sabihin, mataas ang pagkakahawig ng mga agila sa isa’t isa at halos magkakapareho ang kanilang mga gene. “Ang panganib dito, kapag kulang sa pagkakaiba-iba (variation) ang kanilang katangian, mahihirapan ang mga agila na umangkop sa mga pagbabago. Halimbawa, kung may umusbong na bagong sakit o biglang magbago ang kapaligiran, pare-pareho ang magiging reaksyon at kakayahan ng marami sa kanila—at kung mahina ang kanilang depensa, posibleng maubos ang buong populasyon,” babala ng pangkat. 

 

Binigyang-diin din ng mga mananaliksik na pinatataas nito ang panganib ng inbreeding. Nangyayari ito kapag napipilitang magkapareha ang mga agilang magkakamag-anak dahil sa liit ng kanilang populasyon at dahil watak-watak na ang kanilang tirahan. Sa mga ganitong sitwasyon, mas malaki ang tsansa na maipasa sa mga supling ang mga mapaminsalang katangian o depekto sa gene. Sa paglipas ng panahon, maaari itong magbunga ng mas mababang kakayahang magpakarami (reduced fertility), mahinang immune system, at mga depekto sa pisikal na anyo na lalong nagpapahirap sa kanilang kaligtasan. “Sa madaling salita, ang mababang genetic diversity ay nagiging dahilan upang maging marupok ang Haring Ibon at mas madaling maglaho kapag may mga pagsubok na dumarating,” dagdag pa nila. 

 

Ipinapakita rin sa mga datos na bago pa man nagkaroon ng malawakang pagkasira ng mga kagubatan (deforestation), pababa na talaga ang populasyon ng mga Haring Ibon. Ang isang posibleng dahilan ay ang mga pangmatagalang pagbabago sa kalikasan—tulad ng pagkawala ng mga magkakakonektang tirahan nang tumaas ang antas ng dagat libu-libong taon na ang nakalipas, na nagdulot ng pagkakawatak-watak ng mga dating magkakadikit na kalupaan sa Mindanao. Ang pangyayaring ito ay naging sanhi ng pagkakabukod-bukod ng mga grupo ng agila at nakasira sa katatagan ng kanilang populasyon. Maaari ring ang mga unang aktibidad ng mga tao sa Pilipinas, gaya ng pangangaso o pakikipag-agawan sa mga hayop na kinakain ng agila, ay lalong nagpahirap sa kanilang sitwasyon. 

 

Nilinaw naman ng mga siyentipiko na ang mga ito ay mga hinuha (hypotheses) pa lamang at hindi pa ganap na tiyak. Gayunpaman, nakatutulong ito upang ipaliwanag kung bakit tila mas naunang dumanas ng pagbaba sa populasyon ang mga agila bago pa man ang deforestation, na madalas na itinuturing na pangunahing banta sa kanila ngayon. 

 

“Sa pamamagitan ng paggamit ng pamamaraang nakabatay sa genomics at gabay ng genetics, ang aming pag-aaral ay nagbibigay ng gabay o blueprint upang maprotektahan ang iba pang mga nanganganib na species sa buong kapuluan. Ipinapakita rin nito kung paano magagamit ang makabagong pagsusuri sa DNA at bioinformatics upang mapatibay ang pamamahala sa biodiversity,” saad ng pangkat. 

 

Ang pag-aaral na pinamagatang, “Genomic analysis reveals recent population decline and exceptionally low genome-wide heterozygosity of the critically endangered Philippine eagle, Pithecophaga jefferyi (Aves: Accipitridae),” ay inilathala sa BMC Genomics, isang open access at peer-reviewed na journal na naglalathala ng mga artikulo tungkol sa lahat ng aspeto ng genetics, genomics, at proteomics.

 

Sanggunian:

Perdon, D. M., Pascual, F., Tablizo, F., Lapid, C., Egana, J. M., Mantaring, R. J., Punayan, K., Araiza, S. M., Llames, J., Abad, M. C., Gonzalez, J. C., Ibañez, J., & Saloma, C. P. (2025). Genomic analysis reveals recent population decline and exceptionally low genome-wide heterozygosity of the critically endangered Philippine eagle, Pithecophaga jefferyi (Aves: Accipitridae). https://doi.org/10.1101/2025.10.27.684716

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

New Study Finds Alarmingly Low Genetic Diversity in Philippine Eagle

New Study Finds Alarmingly Low Genetic Diversity in Philippine Eagle

Published: June 26, 2026
By: Eunice Jean C. Patron

This figure illustrates the exceptionally low genetic diversity of the Philippine eagle across threatened species (Panel A), compared with other raptors (Panel B), and at the individual level (Panel C). (Photo credit: Perdon et al., 2026)

The Philippine eagle, the country’s national bird, is one of the largest and most powerful eagles in the world. Susceptible to habitat destruction and fragmentation, it is currently listed as Critically Endangered by the International Union for Conservation of Nature, making it one of the most threatened birds globally. To help ensure its survival, scientists have carried out a captive breeding program in protected facilities for over 30 years as part of conservation efforts.

 

Dr. Cynthia Saloma of the University of the Philippines – Diliman College of Science’s National Institute of Molecular Biology and Biotechnology (UPD-CS NIMBB) led a team composed of Dhan Mikhail Perdon, Franchesca Pascual, Francis Tablizo, Carlo Lapid, John Michael Egana, Renato Jacinto Mantaring, Kris Punayan, Shiela Mae Araiza, Jo-Hannah Llames, and Ma. Celeste Abad of the Philippine Genome Center; Dr. Juan Carlos Gonzalez of UP Los Baños; and Dr. Jayson Ibañez of the Philippine Eagle Foundation (PEF) to study the DNA of 35 Philippine eagles under the care of PEF.

 

The team aimed to create a draft genome of the Philippine eagle to help guide conservation efforts. Through collaboration with PEF, they sequenced the DNA of Philippine eagles under their care in Davao City. “A genome is a living organism’s complete set of genes,” the scientists explained. “From the extracted DNA sequences, we were able to assemble a representative genome for the species.”

 

Their study reported a novel finding that the Philippine eagle has exceptionally low genetic diversity, meaning individuals are highly similar to one another and share nearly the same set of genes. “The danger is that when there’s little variation, the species struggles to adapt to changes. For example, if a new disease appears or the environment shifts, most eagles would react the same way and have the same capacity to adapt—and if they’re vulnerable, the whole population could be wiped out,” they said.

 

The team noted that this also increases the risks associated with inbreeding, which occurs when eagles are forced to mate with closely related individuals due to small population size and fragmented habitats. In such cases, harmful traits or genetic weaknesses are more likely to appear in offspring. Over time, this can result in reduced fertility, weakened immune systems, and physical abnormalities that make survival more difficult. “In short, low genetic diversity makes the Philippine Eagle fragile and more likely to face extinction when challenges arise,” they added.

 

Their findings also suggest that the Philippine eagle population was already declining before widespread deforestation. One possible explanation is that long-term ecological changes—such as the loss of connected habitats when sea levels rose thousands of years ago, fragmenting what were once larger continuous landmasses in Mindanao—may have disrupted population stability and isolated eagle groups. It is also possible that early human activities in the Philippines, such as hunting or competition for prey, placed additional pressure on the population. 

 

The scientists clarified that these are hypotheses rather than certainties, but they help explain why the Philippine eagle decline appears to have started earlier than deforestation, which is often considered the main threat.

 

“By applying a genomics-driven, genetically informed approach, our study offers a blueprint for safeguarding other threatened species across the archipelago, and demonstrates how modern DNA analysis and bioinformatics can be leveraged to strengthen biodiversity management,” they said.

 

The study, “Genomic analysis reveals recent population decline and exceptionally low genome-wide heterozygosity of the critically endangered Philippine eagle, Pithecophaga jefferyi (Aves: Accipitridae),” is published in BMC Genomics, an open access, peer-reviewed journal that considers articles on all aspects of genetics, genomics, and proteomics.

 

References:

Perdon, D. M., Pascual, F., Tablizo, F., Lapid, C., Egana, J. M., Mantaring, R. J., Punayan, K., Araiza, S. M., Llames, J., Abad, M. C., Gonzalez, J. C., Ibañez, J., & Saloma, C. P. (2025). Genomic analysis reveals recent population decline and exceptionally low genome-wide heterozygosity of the critically endangered Philippine eagle, Pithecophaga jefferyi (Aves: Accipitridae). https://doi.org/10.1101/2025.10.27.684716

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

Bagong Aklat Pambata na Tampok ang Isang Pilipinang Siyentista, Inilunsad

Bagong Aklat Pambata na Tampok ang Isang Pilipinang Siyentista, Inilunsad

Published: June 15, 2026
By: Eunice Jean C. Patron
Translated by: Dr. Eizadora T. Yu

Inilathala ang pangatlong aklat pambata sa seryeng Sulong Agham. Tampok ng pinakabagong aklat si Dr. Gay Jane Perez, ang Direktor Heneral ng Philippine Space Agency (PhilSA) at propesor sa Institute of Environmental Science and Meteorology (IESM) sa Kolehiyo ng Agham sa UP Diliman.

 

Ang paglulunsad ng aklat na “Isang Puwang sa Kalawakan: Si Gay Jane Perez at ang Diwata-1” ay dinaluhan ni Dr. Perez, ng may-akda na si Eugene Evasco, at ng ilustrador na si Henrick Dulin. (Larawan mula kay Terence Craig Soroño)

Namahagi ng pirmadong kopya ng “Isang Puwang sa Kalawakan: Si Gay Jane Perez at ang Diwata-1” sa mga dumalo sa paglulunsad nito noong Mayo 8, 2026, na ginanap sa bulwagan ng UPD-CS Admin Building. Dinaluhan ito ng mga mga panauhing pandangal na sina  Dr. Gay Jane Perez, may-akdang si Dr. Eugene Evasco, at ilustrador na si Henrick Dulin. Tinalakay sa aklat pambata ang buhay at mga nagawa ni Dr. Perez bilang pinuno ng pangkat na nasa likod ng Diwata-1, ang kauna-unahang microsatellite ng Pilipinas at ang unang satelayt na dinisenyo at ginawa ng mga Pilipino.

 

Ang Palanca Hall of Fame awardee na si Dr. Evasco ang sumulat ng aklat. Nilarawan niya sa kwentong pambata ang salaysay ng isang makabayang siyentista na ang layunin ay hindi lamang ang sariling pag-unlad, kundi pati na rin ang paglilingkod sa bayan. Sa pamamagitan ng kwento ni Dr. Gay Perez, umaasa siyang makahikayat ito ng mga batang Pilipino na abutin ang kanilang mga pangarap at maging bahagi ng susunod na henerasyon ng mga siyentistang magdadala sa agham at pananaliksik ng Pilipinas sa mas mataas na antas. “Nais ko ng ipakita sa mga kabataan ang isang tunay halimbawa ng Pilipina na nakakamit ng malaking tagumpay,” aniya.

 

Dumalo sa paglulunsad ng aklat noong Mayo 8, 2026, sa bulwagan ng UPD-CS Admin Building, ang mga guro at estudyante ng UP, gayundin ang mga kinatawan ng media. (Larawan mula kay Terence Craig Soroño)

Ibinahagi naman ni Dr. Perez ang kanyang saloobin sa pagkakaroon ng isang aklat pambata na tampok ang kanyang buhay. “Kung may isang salitang makakapaglarawan sa karanasang ito, iyon ay nakakapagpapakumbaba. Nagulat ako na may ganitong uri ng proyekto. Nang mabasa ko ang aklat, ay yun din ang unang pagkakataong nakita ko ang sarili kong kwento. Kakaiba ang pakiramdam dahil kapag ako ay nagkwekwento ng aking buhay, piling bahagi lamang ang naibabahagi ko. Ngunit sa kwentong sinulat ni Eugene- mula sa aking kabataan sa Naga, hanggang sa NASA at sa PhilSA, ay nagbigay ito sa akin ng mas malalim na pagpapahalaga sa aking pinagdaanan. Nakita ko ang aking kwento mula sa ibang pananaw,” aniya.

 

Ibinahagi rin ni Dr. Perez na tulad ng maraming kabataan, itinuring niya noon ang sarili bilang isang ordinaryong tao. Hindi niya pinangarap maging siyentista sapagkat wala naman siyang kilalang siyentista noong siya ay bata pa. “Ang mensaheng nais kong ipaabot sa mga batang babasa ng aking kwento, ay kaya rin nilang makamit ito—at higit pa. Dumating ang mga oportunidad sa aking buhay, at naging handa akong yakapin ang mga ito at harapin ang mga hamon. Dahil doon, narating ko kung nasaan ako ngayon,” dagdag niya.

 

Binigyang-diin din ni Dr. Perez na ang maagang pagkakaroon ng mga role models ay maaaring magbukas ng mas maraming oportunidad para sa mga batang babae na pumasok sa larangan ng Agham, Teknolohiya, Inhinyeriya, at Matematika (STEM). Habang lumalaki, ang mga babaeng siyentistang nakikita niya ay kadalasan lamang sa mga pelikula, at madalas pang inilalarawan bilang mga “baliw na siyentista” na magulo ang buhok. “Noong bata pa ako, sana ay mas marami akong naging role models—napakahalaga niyon. Nagpapasalamat ako na nang dumating ang panahon ng pagpapasya tungkol sa aking karera, ay nabigyan ako ng pagkakataong makatrabaho ang mga taong maaari kong tularan, at sila ang naging inspirasyon ko upang tahakin ang agham,” paggunita niya.

 

Ayon naman kay Dr. Giovanni Tapang, dating Dekano ng UPD-CS, kaibigan at dating kasamahan  ni Dr. Perez sa National Institute of Physics (NIP), ipinakikita ng Isang Puwang sa Kalawakan kung gaano kahalaga ang agham at teknolohiya sa paghubog ng kinabukasan ng bansa. Binigyang-diin niya ang kahalagahan ng ambag ni Dr. Perez sa larangan ng agham pangkalawakan. Dagdag pa niya, ang aklat ay hindi lamang pagdiriwang ng mga tagumpay ni Dr. Perez kundi pagkilala rin na may lugar ang kababaihan sa larangan ng space science at STEM. “May kakayahan tayong angkinin ang maliit na puwang na iyon, palawakin ito, at ilantad para sa kapakinabangan ng Pilipinas,” pagtatapos ni Dr. Tapang.

 

Nabuo ang serye ng mga aklat pambatang Sulong Agham sa pamamagitan ng pagtutulungan ng Kolehiyo ng Agham at Kolehiyo ng Arte at Literatura ng UP Diliman, at ng non-profit na organisasyong Supling Sining, Inc.

 

Kabilang din sa iba pang aklat sa seryeng ito ang Ang Doktor ng Dagat, na tampok ang marine scientist na si Deo Florence Onda na isinulat ni Prof. Rosario Torres-Yu; at Ang Natatanging Ngaratngat, na tampok ang biologist na si Leonard Co na isinulat naman ni Prof. Mon Sy.

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

New Science-Themed Children’s Book Spotlights Filipina Scientist

New Science-Themed Children’s Book Spotlights Filipina Scientist

Published: June 15, 2026
By: Eunice Jean C. Patron

The Sulong Agham children’s book series on Filipino scientists has recently published its newest book featuring Dr. Gay Jane Perez, Director General of the Philippine Space Agency (PhilSA) and professor at the University of the Philippines – Diliman College of Science’s Institute of Environmental Science and Meteorology (UPD-CS IESM).

 

The “Isang Puwang sa Kalawakan” book launch was graced by Dr. Gay Jane Perez, author Dr. Eugene Evasco, and illustrator Henrick Dulin. (Photo credit: Terence Craig Soroño)

Limited signed copies of “Isang Puwang sa Kalawakan: Si Gay Jane Perez at ang Diwata-1” were distributed during its launch event held on May 8, 2026, at the lobby of the UPD-CS Administration Building. The event was graced by Dr. Gay Jane Perez, author Dr. Eugene Evasco, and illustrator Henrick Dulin. “Isang Puwang sa Kalawakan” explores Dr. Perez’s life and work as the leader of the team behind Diwata-1, the first Philippine microsatellite and the first satellite designed and built by Filipinos.

 

Dr. Evasco, a Palanca Hall of Fame awardee, described the story as being about a “makabayang siyentista,” whose goal is not only personal advancement but also the service of the nation. Through Dr. Perez’s story, he hopes to inspire Filipino children to pursue their dreams, sparking the next generation of scientists who will carry Filipino science and research beyond the country. “I wanted to show young people a real Filipino woman reaching great heights,” he said.

 

UP faculty, students, and members of the media gathered for the book launch on May 8, 2026, at the UPD-CS Administration Building lobby. (Photo credit: Terence Craig Soroño)

Meanwhile, Dr. Perez described the experience of having a children’s book featuring her life and work as humbling. “If there’s one adjective, that’s it. I was surprised that this kind of work exists. When I saw the narrative, it was also the first time I saw my own story. It felt strange because when I tell my story, I only tell parts of it—but what Eugene wrote, from my childhood in Naga to NASA to PhilSA, made me appreciate it deeply. I saw it from a different perspective,” she shared.

 

Dr. Perez mentioned that, like many children, she considered herself ordinary back then. She did not dream of becoming a scientist because she didn’t know one. “The message I want to share with young readers is that they can also achieve this—and even more. Opportunities came my way, and I was ready to embrace them and take on the challenges. That led me to where I am now,” she added.

 

Dr. Perez emphasized that early exposure to role models can open more opportunities for young girls to pursue careers in science, technology, engineering, and mathematics (STEM). Growing up, the only female scientists she saw were in movies, often depicted as “mad scientists” with messy hair. “When I was young, I wished I had more role models—it’s very important. I’m grateful that when I was making decisions about my career, I had the chance to work with people I could look up to, and that inspired me to pursue science,” she recalled.

 

“[Isang Puwang sa Kalawakan] demonstrates how science and technology play an important role in building our country’s future,” Former UPD-CS Dean and Dr. Perez’s friend Dr. Giovanni Tapang said, underscoring the importance of her work in space science. He added that “Isang Puwang sa Kalawakan” is not merely a celebration of Dr. Perez’s achievements, but also a recognition that there is space for women in the STEM field. “We have the capacity to claim that small space, expand it, and bring it out into the open for the benefit of the Philippines,” Dr. Tapang concluded.

 

The Sulong Agham children’s book series was born out of a collaboration between the UPD-CS, the non-profit organization Supling Sining, Inc. (SSI), and the UPD College of Arts and Letters Departamento ng Filipino at Panitikang Pilipino (UPD-CAL DFPP).

Other books in this book series include “Ang Doktor ng Dagat,” featuring marine scientist Dr. Deo Florence Onda and written by Dr. Rosario Torres-Yu, and “Ang Natatanging Ngaratngat,” featuring Filipino biologist Leonard Co and written by Mon Sy.

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

Ugnayan ng Paggamit ng Lupa at mga Virus sa Lamok, Natuklasan sa Pag-aaral ng UP

Ugnayan ng Paggamit ng Lupa at mga Virus sa Lamok, Natuklasan sa Pag-aaral ng UP

Published: June 9, 2026
By: Eunice Jean C. Patron
Translated by: Mary Ann Corrales

Virome sequencing performed on Aedes aegypti and Ae. albopictus used in the study in 2018 revealed sequences belonging to vertebrate-associated and insect-specific viruses (Asin et al,. 2025).

Ang mga lamok tulad ng Aedes aegypti at Aedes albopictus, na kilalang naglilipat ng mga sakit gaya ng dengue, Zika, at chikungunya, ay maaaring may taglay na higit pa sa mga virus na nakakaapekto sa tao. Nagtataglay din sila ng mga insect-specific virus (mga virus na para lang sa insekto) na hindi nakakahawa sa tao; ang ilan pa nga sa mga ito ay maaaring pumigil sa pagdami ng mga virus na nagdudulot ng sakit. Nagpapahiwatig ito na ang mga lamok ay maaaring magsilbing mahalagang kagamitan sa pagtukoy ng mga kilala at umuusbong na virus na maaaring makaapekto sa kalusugan ng publiko. 

 

Sina Irish Coleen Asin, John Michael Egana, at Dr. Ma. Anita Bautista mula sa National Institute of Molecular Biology and Biotechnology ng University of the Philippines Diliman College of Science (UPD-CS NIMBB), kasama si Dr. Richard Paul ng Institut Pasteur, Université Paris Cité, ay nangolekta ng mga lamok mula sa tatlong lugar sa Los Baños, Laguna na nagkakaiba sa topograpiya at paggamit ng lupa. Gamit ang viral metagenomics—isang pamamaraan na tumutukoy sa lahat ng virus sa isang sampol—sinuri nila ang virome (kabuuan ng mga virus) sa loob ng mga lamok. 

 

Natuklasan sa kanilang pananaliksik na ang mga lamok ay nagtataglay ng mga virus mula sa 12 magkakaibang taxon group. Karamihan sa mga ito ay mga insect-specific virus (ISV). Pareho ring taglay ng A. aegypti at A. albopictus ang malaking bahagi ng mga natukoy na virus. 

 

Nangolekta ang mga molecular biologist ng mga sampol ng lamok mula sa tatlong barangay sa Los Baños, Laguna: ang Bagong Silang, Lalakay, at Bayog. Ang Bagong Silang ang upstream (bundok) na site, na matatagpuan 305–331 metro sa itaas ng antas ng dagat (asl), at may maburol na tanawin (rolling landscape). Ang Lalakay naman ang midstream na site—na nailalarawan sa pagkakaroon ng maburol hanggang sa medyo hindi pantay na lupain. Ang Bayog, na siyang tabing-lawa na site (lakeshore site), ay may patag na lupain. 

 

“Batay sa mga land cover map, napanatili ng Bagong Silang ang forest cover nito sa nakalipas na apat na dekada hanggang sa petsa ng pag-aaral. Sa kaparehong panahon, kapwa sumailalim ang Lalakay at Bayog sa konbersiyon mula sa pagiging agrikultural patungo sa mga built-up area (mga may estruktura at pamayanan),” pagbabahagi nila. 

 

Ipinakita rito sa pag-aaral na mas maraming uri ng virus ang natagpuan sa mga lugar na nabago na ng aktibidad ng tao—tulad ng mga urbanisado o nakalbong lupa, gaya ng mga Barangay Lalakay at Bayog—kumpara sa kagubatan ng Bagong Silang. “Ang mga lamok na ito ay kadalasang matatag sa mga pagbabago sa kapaligiran (disturbance-resilient), at mas mabisang host para sa iba’t ibang uri o strain ng virus,” dagdag pa ng mga molecular biologist. Kapansin-pansin na hindi nakita ng pangkat ang mga virus ng dengue, Zika, o chikungunya sa mga sampol. Gayunpaman, natuklasan na ang mga lamok mula sa dalawang barangay ay nagtataglay ng Cell Fusing Agent Virus (CFAV). Ang CFAV ay pinaniniwalaang pumipigil sa pagdami ng mga virus ng Dengue at Zika.

 

“Ang potensyal na panganib ng mga umuusbong at posibleng hindi pa kilalang banta ng arbovirus ay nangangailangan ng mas pinalakas na mga programa sa pagsubaybay (surveillance) at advanced na pananaliksik sa mga arboviral disease—mga sakit na naililipat ng mga insekto tulad ng lamok,” ayon sa kanila. Binigyang-diin din nila na ang mga programa sa pagsubaybay sa arbovirus ay mahalaga sa kalusugan ng publiko, dahil binabantayan ang aktibidad ng mga lokal (endemic) at umuusbong na virus sa real-time upang makatulong sa pamamahala ng mga outbreak. Ang ganitong pagsubaybay ay maaaring mapahusay sa pamamagitan ng mga teknik ng next-generation sequencing, kabilang ang virome sequencing.

 

Nabanggit din ng mga molecular biologist na ang mga lamok ay maaaring magsilbing mahalagang biyolohikal na target para sa mga programa sa pagsubaybay sa mga sakit na zoonotic at arboviral. “Ang mga lamok ay kumikilos na parang mga biyolohikal na heringgilya (biological syringes) na sumisipsip ng dugo sa iba’t ibang uri ng host,” itinala ng pangkat. “Dahil dito, maaari silang magbigay ng mahahalagang kaalaman ukol sa pagkakaiba-iba ng virus sa iba’t ibang espasyo, panahon, at uri ng hayop (species).”

 

Ang kanilang pag-aaral na pinamagatang “Virome sequencing and analysis of Aedes aegypti and Aedes albopictus from ecologically different sites in the Philippines” ay nailathala sa Parasites & Vectors. Ang internasyonal na journal na ito ay nakatuon sa lahat ng aspeto ng biyolohiya ng mga parasitiko, mga sakit na parasitiko, mga intermediate host, vectors, at mga pathogen na dala ng vector. Ang kanilang gawa ay sinuportahan ng Department of Science and Technology–Philippine Council for Health Research and Development (DOST-PCHRD) at ng UPD Office of the Vice Chancellor for Research and Development. 

 

Sanggunian: 
Asin, I. C., Egana, J. M., Paul, R. E., & Bautista, M. A. (2025). Virome sequencing and analysis of Aedes aegypti and Aedes albopictus from ecologically different sites in the Philippines. Parasites & Vectors, 18(1). https://doi.org/10.1186/s13071-025-07073-7

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

How Land Use Shapes the Viruses Mosquitoes Carry, UP Study Finds

How Land Use Shapes the Viruses Mosquitoes Carry, UP Study Finds

Published: June 9, 2026
By: Eunice Jean C. Patron

Virome sequencing performed on Aedes aegypti and Ae. albopictus used in the study in 2018 revealed sequences belonging to vertebrate-associated and insect-specific viruses (Asin et al,. 2025).

Mosquitoes such as Aedes aegypti and Aedes albopictus, which are known to transmit diseases like dengue, Zika, and chikungunya, may carry more than just viruses that affect humans. They also host insect-specific viruses that do not infect people, some of which may even inhibit the multiplication of disease-causing viruses. This implies that mosquitoes can serve as valuable tools for detecting both known and emerging viruses that may impact public health.

 

Irish Coleen Asin, John Michael Egana, and Dr. Ma. Anita Bautista of the University of the Philippines – Diliman College of Science’s National Institute of Molecular Biology and Biotechnology (UPD-CS NIMBB), together with Dr. Richard Paul of Institut Pasteur, Université Paris Cité, collected mosquitoes from three areas in Los Baños, Laguna that differ in topography and land use. Using viral metagenomics—a method that identifies all viruses in a sample—they analyzed the virome inside the mosquitoes.

 

Their research revealed that the mosquitoes carried viruses from 12 different taxon groups. Most of these were insect-specific viruses (ISVs), which infect mosquitoes but not humans. Both A. aegypti and A. albopictus also shared the majority of the identified viruses.

The molecular biologists collected mosquito samples from three barangays in Los Baños, Laguna: Bagong Silang, Lalakay, and Bayog. Bagong Silang is the upstream (mountain) site, located 305–331 meters above sea level (asl), with a rolling landscape. Lalakay is the midstream site—characterized by rolling to slightly uneven terrain. Bayog, the lakeshore site, has a flat landscape.

“Based on the land cover maps, Bagong Silang retained its forest cover in the last 4 decades as of the study date. At the same time, both Lalakay and Bayog underwent conversion from agricultural to built-up areas during that period,” they shared.

 

The study also showed that more types of viruses were found in areas altered by human activity—such as urban or cleared land, like Barangays Lalakay and Bayog—compared to the forested area of Bagong Silang. “These mosquitoes are usually disturbance-resilient and are more competent hosts for several viral isolates or strains,” the molecular biologists added. Notably, the team did not detect dengue, Zika, or chikungunya viruses in the samples. Interestingly, mosquitoes from two barangays were found to harbor the Cell Fusing Agent Virus (CFAV). CFAV has been thought to inhibit the proliferation of Dengue and Zika viruses.

 

“The potential risk of emerging and possibly unknown arboviral threats calls for strengthened surveillance programs and advanced research on arboviral diseases—those transmitted by insects like mosquitoes,” they said, emphasizing that arbovirus surveillance programs are vital to public health, as they monitor the activity of both endemic and emerging viruses in real time to help manage outbreaks. Such monitoring can be enhanced through next-generation sequencing techniques, including virome sequencing.

 

The molecular biologists also noted that mosquitoes may serve as important biological targets for zoonotic and arboviral disease surveillance programs. “Mosquitoes act like biological syringes, feeding on multiple kinds of hosts,” the team pointed out. “Because of this, they can provide valuable insights into viral diversity across space, time, and species.”

 

Their study, “Virome sequencing and analysis of Aedes aegypti and Aedes albopictus from ecologically different sites in the Philippines,” was published in Parasites & Vectors. This international journal focuses on all aspects of the biology of parasites, parasitic diseases, intermediate hosts, vectors, and vector-borne pathogens. Their work was supported by the Department of Science and Technology—Philippine Council for Health Research and Development (DOST-PCHRD) and the UPD Office of the Vice Chancellor for Research and Development.

 

References:

Asin, I. C., Egana, J. M., Paul, R. E., & Bautista, M. A. (2025). Virome sequencing and analysis of Aedes aegypti and Aedes albopictus from ecologically different sites in the Philippines. Parasites & Vectors, 18(1). https://doi.org/10.1186/s13071-025-07073-7

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

Mga Pilipinong Siyentipiko Gumawa ng Novel Method upang Pagbutihin ang mga Mathematical Model upang Makatuklas ng Drug Targets

Mga Pilipinong Siyentipiko Gumawa ng Novel Method upang Pagbutihin ang mga Mathematical Model upang Makatuklas ng Drug Targets

Published: May 29, 2026
By: Eunice Jean C. Patron
Translated by: Dr. Ian Kendrich C. Fontanilla

Ang mga biological process na tulad ng Wnt signaling pathway—na nangangasiwa sa critical development at makakatulong na panatilihing normal at balanse ang mga tissue ng katawan—ay kadalasang inilalarawan ng mga siyentipiko gamit ang mga mathematical map na tinatawag na mga reaction network, na nagsisilbing pundasyon ng mga mathematical model. Nagbibigay-daan ito sa mga siyentipiko na suriin at paghambingin ang mga modelo batay lamang sa kanilang istruktura nang hindi nangangailangan man ng o bahagyang may mga specific parameter value. Bagaman may ilan ng Wnt models, nagkakaiba sila sa kung paano nila kinakatawan ang iisang underlying biological system. Upang matugunan ito, may ilang Filipino mathematicians ang nagpakilala ng isang bagong paraan upang matumbok ang common ground sa pagitan ng mga mathematical map na ito.

Pinaghahambing ng CSEN analysis ang dalawang reaction networks na pareho o magkatulad ang sistema sa pamamagitan ng pagtuon sa kanilang mga karaniwang species, tulad ng mga protein o kemikal, upang matukoy ang mga pagkakatulad at pagkakaiba. (Photo credit: Hernandez et al., 2024)

Binuo ni Dr. Bryan Hernandez ng University of the Philippines – Diliman College of Science Institute of Mathematics (UPD-CS IM), kasama sina Patrick Vincent Lubenia at Dr. Eduardo Mendoza ng Center for Natural Science and Environmental Research, De La Salle University, ang Common Species Embedded Networks (CSEN) analysis.

 

Pinaghahambing ng CSEN analysis ang dalawang reaction networks na pareho o magkatulad ang sistema sa pamamagitan ng pagtuon sa kanilang mga karaniwang species, tulad ng mga protein o kemikal, upang matukoy ang mga pagkakatulad at pagkakaiba.

 

“Gumagana ang method sa pamamagitan ng unang paghihiwalay sa mga network na ‘naka-embed’ sa loob ng mga modelo na kinasasangkutan lamang ng mga karaniwang species. Para sa mga reaksyon na hindi magkapareho, sinusuri ng method ang mga ‘transformation’—mga mathematical link na maaaring magpaliwanag kung paano maaaring magdulot ng equivalence ang isang set ng reaksyon sa pagitan ng mga system na may underlying embedded networks,” paliwanag ni Dr. Hernandez.

 

Inihambing ng kanilang grupo ang mga kasalukuyang reaction network na nauugnay sa mga Wnt signaling model na kanilang natukoy, kasama ang mga iyon nina Lee, Schmitz, MacLean, at Feinberg. Sa pamamagitan ng CSEN analysis, nalaman ng mga mathematician na ang ilang umiiral na mga modelo ay lubos na magkatulad dahil ang kanilang mga embedded network ay konektado sa isa’t isa sa pamamagitan ng mga partikular na transformation. Sa kabilang banda, maaari ring mabunyag ng analysis kung walang maihahambing na relasyon ang umiiral sa mga modelo dahil sa kawalan ng naturang transformation.

 

Ibinahagi ni Dr. Hernandez ang inspirasyon ng grupo sa likod ng paglikha ng CSEN analysis. “Sa larangan ng systems biology, madalas na nagmumungkahi ang iba’t ibang mananaliksik ng iba’t ibang mga reaction network upang ilarawan ang iisang biological process. Sa kasaysayan, mahirap ding paghambingin ang mga modelong ito dahil madalas silang ituring bilang ganap na magkahiwalay na mga entity, na gumagamit ng iba’t ibang hanay ng mga variable at reaction.”

 

Tinutugunan ng CSEN analysis ang kahirapang ito sa pamamagitan ng pagbibigay-diin sa dalawang pangunahing haligi: network embedding, kung saan sinasala ang mga complex network para ituon lang sa mga species na makikita sa pagitan ng mga model; at mga structural comparison, kung saan sinusuri ang mga embedded network upang matukoy kung ang isang model ay isang mas kumplikadong bersyon ng isa pa o kung ang mga ito ay “halos katumbas” sa pamamagitan ng mga mathematical transformation.

 

“Madalas napaghihiwalay ang mga modelo ng mga traditional approach batay sa mga specific property, tulad ng kung mayroon silang isang long-term state (mono-stationarity) o multiple long term states (multi-stationarity). Iba ang CSEN dahil tinitingnan nito ang underlying structure at dynamic equivalence,” dagdag ni Dr. Hernandez.

 

Naging insightful ang CSEN analysis sa Wnt signaling, na nagpapakitang ang ilang models—na noong una ay itinuturing na naiiba dahil sa kanilang mga stability property—ay talagang halos magkapareho sa istruktura.

 

Ayon kay Dr. Hernandez, isang pangkalahatang mathematical tool ang CSEN analysis na maaaring ilapat sa mga modelo para sa mga system maliban pa sa Wnt signaling. “Habang ipinakita namin ang paggamit nito sa Wnt signaling, maaari itong ilapat sa anumang system na kinakatawan ng mga reaction network. Kabilang dito ang iba pang biological pathway, gaya ng insulin signaling o metabolism, pati na rin ang mga potential non-biological network gaya ng mga chemical engineering process o ecological model.”

 

Maaaring maging mahalaga ang CSEN analysis sa pagpino ng mga model sa biological at chemical systems sa pamamagitan ng pagtukoy kung aling mga bahagi ng isang modelo—o kung aling mga modelo—ang natatangi at alin ang redundant. Maaaring bigyan ng pansin ng analysis na ito ang mga robust target: kung maraming mga modelo, sa kabila ng kanilang mga pagkakaiba, ay nagkakaisa sa iisang interaction na nagdudulot ng isang uri ng sakit, ang interaction na ito ay nagiging isang mas maaasahan at robust na therapeutic target.

 

Ang kanilang pagsasaliksik, “Embedding-based comparison of reaction networks of Wnt signaling,” ay kasama sa MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry, isang open-access na journal na naglalathala ng mga orihinal na pananaliksik pati na rin ang mga review ukol sa chemically important mathematical results at non-routine na paggamit ng mga mathematical technique sa mga chemical problem.

 

References:

Hernandez, B. S., Lubenia, P. V., & Mendoza, E. R. (2024). Embedding-based comparison of reaction networks of Wnt signaling. MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry, 93(1), 235-245. https://doi.org/10.46793/match.93-1.223h

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

Filipino Scientists Develop Novel Method to Refine Mathematical Models and Identify Drug Targets

Filipino Scientists Develop Novel Method to Refine Mathematical Models and Identify Drug Targets

Published: May 29, 2026
By: Eunice Jean C. Patron

Biological processes like the Wnt signaling pathway—which regulates crucial development and helps keep the body’s tissues functioning normally and in balance—are often described by scientists using mathematical maps called reaction networks, which serve as the foundation of mathematical models. These allow scientists to examine and compare models based on their structure alone without needing or with minimal specific parameter values. Although several Wnt models exist, they differ in how they represent the same underlying biological system. To address this, Filipino mathematicians introduced a new method to find the common ground between these different maps.

The CSEN analysis compares two reaction networks by focusing on their common species, such as proteins or chemicals, to identify similarities and differences. (Photo credit: Hernandez et al., 2024)

Dr. Bryan Hernandez of the University of the Philippines – Diliman College of Science’s Institute of Mathematics (UPD-CS IM), along with Patrick Vincent Lubenia and Dr. Eduardo Mendoza of the Center for Natural Science and Environmental Research, De La Salle University, developed the Common Species Embedded Networks (CSEN) analysis.

 

The CSEN analysis compares two reaction networks of the same or similar systems by focusing on their common species, such as proteins or chemicals, to identify similarities and differences.

 

“The method works by first isolating the networks ‘embedded’ within the models that involve only the common species. For the reactions that are not identical, the method checks for ‘transformations’—mathematical links that can explain how one reaction set might induce equivalence between the systems with the underlying embedded networks,” Dr. Hernandez explained.

 

Their group compared existing reaction networks associated with Wnt signaling models they had identified, including those by Lee, Schmitz, MacLean, and Feinberg. Through the CSEN analysis, the mathematicians found that some existing models are strongly similar because their embedded networks are connected through specific transformations. Conversely, the analysis can also reveal when no comparable relationship exists due to the absence of such transformations.

 

Dr. Hernandez shared the team’s inspiration behind creating the CSEN analysis. “In the field of systems biology, different researchers often propose different reaction networks to describe the same biological process. Historically, it has also been difficult to compare these models because they are often treated as entirely separate entities, utilizing different sets of variables and reactions.”

 

The CSEN analysis addresses this difficulty by emphasizing two key pillars: network embedding, which narrows complex networks to focus only on the species shared between models; and structural comparisons, in which the embedded networks are analyzed to determine whether one model is a more complex version of another or if they are “proximately equivalent” through mathematical transformations.

“Traditional approaches often discriminate between models based on specific properties, such as whether they have one long-term state (mono-stationarity) or the capacity for multiple long-term states (multi-stationarity). CSEN is different because it looks at the underlying structure and dynamical equivalence,” Dr. Hernandez added.

 

The CSEN analysis was particularly insightful for Wnt signaling, revealing that certain models—previously thought to differ fundamentally due to their stability properties—are actually structurally very similar.

 

According to Dr. Hernandez, the CSEN analysis is a general mathematical tool that can be applied to models in systems beyond Wnt signaling. “While we demonstrated its use with Wnt signaling, it can be applied to any system represented by reaction networks. This includes other biological pathways, such as insulin signaling or metabolism, as well as potentially non-biological networks such as chemical engineering processes or ecological models.”

 

The CSEN analysis can be vital in refining models in biological and chemical systems by identifying which parts of a model—or which models—are unique and which are redundant. This method can highlight robust targets: if many models, despite their differences, agree that a specific interaction drives a disease, that interaction becomes a more reliable and robust therapeutic target.

 

Their research, “Embedding-based comparison of reaction networks of Wnt signaling,” is included in MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry, an open-access journal that publishes papers of original research as well as reviews on chemically important mathematical results and non-routine applications of mathematical techniques to chemical problems.

 

References:

Hernandez, B. S., Lubenia, P. V., & Mendoza, E. R. (2024). Embedding-based comparison of reaction networks of Wnt signaling. MATCH Communications in Mathematical and in Computer Chemistry, 93(1), 235-245. https://doi.org/10.46793/match.93-1.223h

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

UPD Chemists nag-develop ng AI Tool Laban sa Drug-Resistant Bacteria

UPD Chemists nag-develop ng AI Tool Laban sa Drug-Resistant Bacteria

Published: May 12, 2026
By: Eunice Jean C. Patron
Translated by: Dr. Eizadora T. Yu

Ang ISCAPE ay isang AI-powered tool na tumutulong na mag-predict kung ang isang peptide ay may kakayahang pumatay o pumigil sa pagdami ng E. coli. (Photo credit: Salas et. al., 2026)

Habang patuloy ang paghina o pagkawalang bisa ng mga tradisyunal na antibiotic sanhi ng antimicrobial resistance (AMR), ay lalong nagiging mahalaga ang paghahanap ng mga bagong gamot. Isa sa mga pinakapromising na solusyon ay ang antimicrobial peptides (AMPs), na isang klase ng mga compound na kayang pumatay ng bacteria. Upang mapabilis ang proseso ng pagtuklas ng AMPs, bumuo sila Remmer Salas, Dr. Portia Mahal Sabido, at Dr. Ricky Nellas ng University of the Philippines Diliman – College of Science (UPD-CS) ng isang AI tool.

 

Ang ISCAPE (Interpretable Support Vector Classifier of Antibacterial Activity of Peptides against Escherichia coli) ay isang AI-powered tool na tumutulong na mag-predict kung ang isang peptide ay may kakayahang pumatay o pumigil sa pagdami ng E. coli. Kailangan lamang ng system na ito ng Simplified Molecular-Input Line-Entry System (SMILES) string bilang input, bagay na magpapadali sa mga researcher na suriin ang mga kandidatong molecule.

 

“Ayon sa tradisyunal na paraan, ang pagtuklas ng antibacterial peptides ay nangangailangan ng paggawa o pag-synthesize ng maraming kandidato at pagsubok sa mga ito isa-isa. Matagal ang prosesong ito,” sabi ni Salas. “Gumamit kami ng AI upang matuto mula sa umiiral na datos at matukoy ang mga pattern na nagkakaiba sa mga aktibo at hindi aktibong peptide.”

 

Bukod-tangi din sa mga AI tools ang abilidad ng ISCAPE na tukuyin kung aling mga molecular feature ang nagpapabisa sa isang peptide. Ayon kay Salas, nakatutulong ito upang makatipid ng oras at resources ang mga researcher. Nababawasan nito ang trial-and-error experiments at nagbibigay-daan upang mas mahusay na makapagdisenyo ng peptide.

 

“Tumutulong ang ISCAPE sa laban sa antimicrobial resistance sa pamamagitan ng pagpapabilis ng early-stage screening gamit ang data-driven peptide design,” dagdag pa ni Salas. “Hindi nito pinapalitan ang laboratory experiments, ngunit ginagawa nitong mas episyente ang discovery process at tinutulungan ang mga researcher na magpokus sa mga pinakapromising na kandidato.”

 

Maaaring ding magamit ang AI-powered model  laban sa ibang bacteria bukod sa E. coli. Gayunpaman, kailangan muna itong sanayin muli gamit ang mataas na kalidad na datasets na partikular sa bacterial strains na nais pag-aralan. Maaari ring gamitin ang ISCAPE approach upang hulaan o mag-predict ng activity ng iba pang bioactive peptides.

 

“Ang paggamit ng ISCAPE para sa ibang biological targets ay nangangailangan ng maayos na curated datasets na may experimentally validated activity,” dagdag ni Salas. “Pagkatapos nito, kailangang sanayin muli ang model gamit ang molecular features na natukoy naming pinakamainam para sa peptides.”

 

Umaasa ang grupo na makatutulong ang ISCAPE upang mas mahusay at mas mabilis na makapagdisenyo ang mga researcher ng antibacterial peptides at makatulong sa pandaigdigang laban kontra AMR.

 

Bukas sa publiko ang ISCAPE para magamit ng ibang siyentista. Maaaring ma-access ang web server nito sa Hugging Face Spaces. Available din sa GitHub ang training data at code para sa large-scale prediction.

 

Ang research paper na pinamagatang “Interpretable support vector classifier for reliable prediction of antibacterial activity of modified peptides against Escherichia coli” ay nailathala sa Journal of Molecular Graphics and Modelling. Ang internasyonal na publikasyong ito ay naglalaman ng mga papel tungkol sa paggamit ng computer sa teoretikal na pag-aaral ng molecular structure, function, interaction, at design. Saklaw nito ang lahat ng aspeto ng molecular modeling at computational chemistry.

 

References:

Salas, R. L., Sabido, P. M., & Nellas, R. B. (2026). Interpretable support vector classifier for reliable prediction of antibacterial activity of modified peptides against Escherichia coli. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 142, 109188. https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2025.109188

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.

UPD Chemists Create AI Tool to Predict Antibacterial Peptides

UPD Chemists Create AI Tool to Predict Antibacterial Peptides

Published: May 12, 2026
By: Eunice Jean C. Patron

ISCAPE helps experimentalists predict whether a peptide can kill or inhibit the growth of the bacterium Escherichia coli. (Photo credit: Salas et. al., 2026)

As antimicrobial resistance (AMR) continues to make traditional antibiotics less effective worldwide, the search for new antibacterial treatments has become increasingly urgent. One promising solution is antimicrobial peptides (AMPs), small molecules that can kill bacteria. To help accelerate their discovery, researchers at the University of the Philippines Diliman – College of Science (UPD-CS) have developed an AI tool designed to accelerate the discovery of new antibacterial peptides.

 

Remmer Salas, Dr. Portia Mahal Sabido, and Dr. Ricky Nellas of the UPD-CS Institute of Chemistry (IC) developed ISCAPE (Interpretable Support Vector Classifier of Antibacterial Activity of Peptides against Escherichia coli). It is an AI-powered tool that helps experimentalists predict whether a peptide can kill or inhibit the growth of E. coli. The system requires only a Simplified Molecular-Input Line-Entry System (SMILES) string as input, making it simple for researchers to evaluate candidate molecules.

 

“Traditionally, discovering antibacterial peptides means synthesizing many candidates and testing them one by one. This process is time-consuming,” said Salas. “We used AI to learn from existing data and identify patterns that distinguish active peptides from inactive ones.”

 

Unlike many AI tools, ISCAPE also shows which molecular features make a peptide effective. He noted that this helps researchers save time and resources. It reduces trial-and-error experiments and allows them to design better peptides more efficiently.

 

“ISCAPE helps address antimicrobial resistance by accelerating early-stage screening through data-driven peptide design,” Salas further explained. “It doesn’t replace laboratory experiments, but it makes discovery more efficient and helps researchers focus on the most promising candidates.”

 

The AI-powered model can be adapted to predict activity against bacteria other than E. coli. However, it would need to be retrained using high-quality datasets specific to the bacterial strains of interest. The ISCAPE approach could also be applied to predict the activity of other bioactive peptides. 

 

“Applying ISCAPE to other biological targets requires well-curated datasets with experimentally validated activity,” Salas added. “The model must then be retrained using the molecular features we identified as optimal for peptides.”

 

The team hopes the tool will help researchers design better antibacterial peptides more efficiently and contribute to the global fight against AMR.

 

ISCAPE is publicly available for other scientists. The web server can be accessed through Hugging Face Spaces. The training data and code for large-scale prediction are available on GitHub.

 

The chemists’ research paper, titled “Interpretable support vector classifier for reliable prediction of antibacterial activity of modified peptides against Escherichia coli,” was included in the Journal of Molecular Graphics and Modelling. This international publication features papers on the use of computers in theoretical investigations of molecular structure, function, interaction, and design. It covers all aspects of molecular modeling and computational chemistry.

 

References:

Salas, R. L., Sabido, P. M., & Nellas, R. B. (2026). Interpretable support vector classifier for reliable prediction of antibacterial activity of modified peptides against Escherichia coli. Journal of Molecular Graphics and Modelling, 142, 109188. https://doi.org/10.1016/j.jmgm.2025.109188

 

For interview requests and other concerns, please contact media@science.upd.edu.ph.